玛丽！玛丽！

　　快乐的暑假开始了，启人（津村真琴 配音）为了扫墓来到了风光秀丽的冲绳，在海边，他和阿海（佐伯鹏 配音）一起救下了一位名为美波（三石琴乃 配音）的少女，后者遭到了数码兽的攻击，这些数码兽的目标，似乎是美波所携带的一台笔记本电脑，在电脑里究竟隐藏了怎样的秘密？让启人感到意外的是，美波的遇险催生了数码宝贝石狮兽（津久井教生 配音）的诞生，它的使命为何？　　启人发现，在风靡全球的电子宠物V-Pet背后，隐藏着一个惊人的秘密，贪婪邪恶的曼法斯兽企图通过虚拟的数码兽摧毁人类世界，实现它建立数码世界的野心。面对强大的对手，启人和朋友们该何去何从？

　　结识小明（杨静怡）前，小四（张震）是典型的乖仔，是父母的希望和兄妹的骄傲（一家人指望他考上名牌大学将来提升全家的社会地位），他有一个喜欢摇滚乐的自称“小猫王（王启赞）”的好友，两人虽会去树林看人幽会，但过的是与周围诸多在“小公园”混的少年人完全两样的生活。　　喜欢上小明后 ，小四便像跌进一个无底深渊，开始被外界的各种力量牵着鼻子走。新识仰慕对象honey（林鸿铭）意外身亡，一向敬重的父亲的自尊与精神因为某次事件严重受损，加上将一次次“欺骗玩弄”他感情的小明“看透”，血气方刚又有很强道德感的小四终于走上犯罪的道路，期望用自己的刀结束事件的根源。但小四不知的是，他眼中的根源只是这条食物链中微不足道的一环。

 持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ 配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当地所有人讨厌，但是它似乎想将某种危险、恐怖的信息及时传给小智一行，关于时空之塔的秘密即将揭开…… 本片为神奇宝贝系列第十部电影剧场版。

　　通过一部伪纪录片《未解之谜》五个故事娓娓道来：警察进入古宅寻找孩子遭遇神秘生物；一群印度狗仔队发现宝莱坞女星并非镜头般光鲜亮丽；几个朋友必须在遭遇外星人入侵之后与客机相撞的高空跳伞中幸存；动物权利组织闯进痛失爱犬的女士住宅后将经历至暗时刻；以及一位沙漠中的母亲调查莫哈韦沙漠幽浮飞船后成为飞船偷渡者……