叛逆的懵懂

在本作品中，人们听了从某个卡式录音带中流淌出的“某个旋律”后，自己也渐渐哼唱起了那个旋律，被卷入了不可思议的事件中。

　　冒険好きな二人の少年が、宇宙船に閉じ込められ第十惑星に連れ去られ、宇宙人に食べられそうになる。そこにガメラが現れて二人を救う。宇宙人はギロンをけしかけるが、ガメラの敵ではなかった。第3作に登場したギャオスが再登場するが、ギロンにあっさりやられてしまう。

　　全盲的FBI特別搜查官皆实广见（福山雅治 饰）被称为“终结一切案件的最后王牌”。他自日本研修返美后，警视厅搜查一课的护道心太朗（大泉洋 饰）前往美国受训，两人在华盛顿与纽约继续加深“无敌搭档”的默契。半年后心太朗归国，两人再次分隔两地。　　2025年，皆实因电视节目回到日本，却遭遇电视台被全副武装的恐怖分子占领。他与主播播摩美咲（松本若菜 饰）、首相五之桥义实（吉田钢太郎 饰）等人被劫持，对方威胁若拿不出10亿美元赎金，将在东京引爆炸弹，引爆前所未有的危机。得知皆实被囚的心太朗火速赶往现场，却发现负责接待皆实的佐久良（吉田羊 饰）已隐藏在内部——一场跨国搭档再度携手的极限救援正式拉开序幕。

　　一晃十年过去，地球人和虫族的战争如火如荼，愈演愈烈。某日，空军元帅奥玛•阿诺克（斯蒂芬•霍根 Stephen Hogan 饰）来地球人的远方农场罗库山视察，时任上校的强尼•瑞克（加斯帕•范•迪恩 Casper Van Dien 饰）也一同前来。在此期间，阿诺克的心智被虫王操控，他切断了隔离区的电力，使基地完全失去保护。是夜，虫族对隔离区发动总攻，地球军虽顽强抵抗，终因寡不敌众而告败，基地陷落。阿诺克则和一干心腹逃离，飞船迫降在OM-1行星。　　瑞克因失职被军事法庭判处绞刑，行刑之际被政府秘密部门救下。阿诺克知晓联邦舰队基地所在地的秘密，一旦被虫族得知将不堪设想。因此政府高层要求瑞克带上一队人马，前去营救受困的阿诺克……